jcmvbkbc

процессы вызваные из Libc (glibc) работают в Kernel или User спэйсе

libc -- часть пользовательского процесса. Она обращается к ядру через системные вызовы. Системные вызовы выполняются ядром в kernel space. libc делает дополнительную обработку в user space, например преобразует коды ошибок и обновляет errno.

Например, программа вызывает printf (3), libc в цикле разбирает форматную строчку и вызывает системный вызов write (2), выполнение переключается в режим ядра, ядро выводит символы в stdout текущего процесса, выполнение возвращается в user space, libc проверяет что не было ошибок и либо продолжает цикл до конца форматной строчки, либо обновляет errno и возвращает результат.

Некоторые функции libc выполняются целиком в userspace, например sprintf (3).

Warning: /home/user/wrt/openwrt/build_dir/target-mipsel_24kec+dsp_uClibc-0.9.33.2/linux-ramips_mt7620/openwrt-ramips-mt7620-ex2700-squashfs-sysupgrade.bin is too big

Слишком большой образ получился.

В linux есть два варианта версионирования:
- версионирование разделяемых библиотек (см. раз, два), позволяющее одновременно устанавливать и использовать несколько версий одной и той же библиотеки
- версионирование символов (см. раз, два), позволяющее одной разделяемой библиотеке экспортировать несколько версий одного символа, с разным содержанием/поведением.

CC build-x86_64/lock/rwlock.o
src/lock/rwlock.c:114:1: fatal error: opening dependency file build-x86_64/lock/rwlock.d: No such file or directory
}
...
Что такое rwlock на ubuntu, почему у меня его нет и как его поставить?

Сообщение о том, что во время компиляции файла src/lock/rwlock.c из самого libre компилятор не смог открыть/создать build-x86_64/lock/rwlock.d
Я подозреваю, что вы его (libre) компилировали под рутом, а потом -- под обычным пользователем, где и увидели проблему. Если так, то решение -- удалить build-x86_64 перед сборкой.

Есть есть поток, который добровольно не отдает управление ЦП и не должен.
nonvoluntary_ctxt_switches: 68267288

Этого недостаточно. Нужно чтобы кроме этого потока на данном CPU не было других. ctxt switch это переключение с одного потока на другой.

Проблема в том, что системный таймер присылает прерывание LOC (Local timer interrupts) 1000 раз в секунду.

Похоже, что у вас ядро с обычными тиками (не dyntick / tickless). Само таймерное прерывание, однако, не должно заметно влиять на производительность.

Я бы не хотел манипулировать таймером вообще, или собирать ядро со специальными опциями

Думаю, что вариантов без сборки ядра с опцией CONFIG_NO_HZ_FULL нет. Но и в этом случае, чтобы не было nonvoluntary ctxt switch на данном CPU должен быть единственный поток. См. https://www.kernel.org/doc/Documentation/timers/NO...

Ещё вариант -- корневую ФС установить на маленький раздел на SSD, /home на винт, остаток SSD включить во flashcache. В дебиане flashcache входит в дистрибутив, настроек -- минимум, скорость доступа к часто используемым файлам -- как к SSD. Сам использую такую конфигурацию больше трёх лет, с одним и тем же винтом и SSD.
SSD -- INTEL SSDSC2CT240A3, полёт нормальный, статистика SMART:

Vendor Specific SMART Attributes with Thresholds: 
ID# ATTRIBUTE_NAME          FLAG     VALUE WORST THRESH TYPE      UPDATED  WHEN_FAILED RAW_VALUE
  5 Reallocated_Sector_Ct   0x0032   100   100   000    Old_age   Always       -       2
  9 Power_On_Hours_and_Msec 0x0032   000   000   000    Old_age   Always       -       916104h+32m+02.410s
 12 Power_Cycle_Count       0x0032   098   098   000    Old_age   Always       -       2093
181 Program_Fail_Cnt_Total  0x0032   000   000   000    Old_age   Always       -       2
182 Erase_Fail_Count_Total  0x0032   000   000   000    Old_age   Always       -       0
192 Power-Off_Retract_Count 0x0032   100   100   000    Old_age   Always       -       2093
225 Host_Writes_32MiB       0x0032   100   100   000    Old_age   Always       -       658878
232 Available_Reservd_Space 0x0033   100   100   010    Pre-fail  Always       -       0
233 Media_Wearout_Indicator 0x0032   100   100   000    Old_age   Always       -       0
241 Host_Writes_32MiB       0x0032   100   100   000    Old_age   Always       -       658878
242 Host_Reads_32MiB        0x0032   100   100   000    Old_age   Always       -       561297
249 NAND_Writes_1GiB        0x0013   100   100   000    Pre-fail  Always       -       21915

Если всё ставилось через apt то можно попробовать следующую команду:
find /var/cache/apt/archives -name '*.deb' -print0 | sudo xargs -0 dpkg -Gi
Она переустановит последние версии пакетов из кэша apt.