В общем, решением проблемы стал такой не очень универсальный костыль.
Внутри уже созданного образа есть запускатор AppRun в котором я прописал сразу после монтирования узнавать текущий каталог вот так:
HERE=$(dirname $(readlink -f "${0}"))
export MYAPP_DIR="${HERE}/opt/myApp"
за тем создавать симлинк в /tmp :
mkdir -p "/tmp/myApp.AppImage/lib64"
ln -sf ${MYAPP_DIR}/devkit-x86/sysroots/x86_64-pokysdk-linux/lib/ld-2.20.so /tmp/myApp.AppImage/lib64/ld-linux-x86-64.so.2
А в скрипте, создающем образ, я патчу пути до динамик лоадера во всех всех бинарниках кросскомпилятора вот так:
find "${PROGNAME_APPDIR}/opt/myApp/devkit-x86/sysroots/x86_64-pokysdk-linux" -type f -exec patchelf --set-interpreter "/tmp/myApp.AppImage/lib64/ld-linux-x86-64.so.2" '{}' \;
Кому будет интересно, кросскомпилятор для Intel Edison я засовываю в образ AppImage. В каталоге едисоновского тулчейна лежат два подкаталога: каталог sysroot с файлами и библиотеками целевой архитектуры; каталог кросс-компилятора для архитектуры, на которой происходит кросс-компиляция. По причине того, что разные каталоги, а так же, что кросс-компилятор уже собран не мной и желания с временем на перепиливание у меня нет, способы предложенные jcmvbkbc не подходят. По этому я оставляю компилятор как есть и горожу вот этот вот костыль.