Ну это и понятно, разницы же нет, какое там значение у .sumbenu, если у него родитель ложится под другой блок вместе с ним. И даже если отключить z-index у nav, то все равно не получится. А вот если отключить у nav и li, то да.
Да это говноадаптивность. У тебя считается боди от размера окна браузера, рисуется градиент на размер окна браузера. А при этом ширина обертки сайта больше окна браузера.