irdaxirdaxirdax

С большой вероятность это прописано просто в автозагрузке. Для начала стоит попробовать выключить и если после перезагрузки опять не появится - забить. Если появится, то искать то, что его туда снова добавит.

У Вас всегда идет складывание, независимо от выбора пользователя.
Измените блок с if на этот:

if (choise == 1) {
  res = Function1(a, b);
}
else if (choise == 2) {
  res = Function2(a, b);
}
else if (choise == 3) {
  res = Function3(a, b);
}
else if (choise == 4) {
  res = Function4(a, b);
}

Также советую дать имена функциям более осмысленные ( add ,subtract, mul ,div)

как я понимаю у тебя массив юзеров в файле users.json
если ты подключишь его через const users = require("users.json") у тебя в переменной будет js объект
в твоем случае массив пользователей, потом ты делаешь users.push(user)
далее через fs writeFile записываешь json (не забудь объект сериализовать через JSON.stringify(users)