from winreg import *
# Путь в реестре
key_my = OpenKey(HKEY_CURRENT_USER,
r'SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run',
0, KEY_ALL_ACCESS)
# Установить скрипт в автозагрузку
SetValueEx(key_my, 'script', 0, REG_SZ, r'<путь к скрипту>')
# Закрыть реестр
CloseKey(key_my)