как я понимаю у тебя массив юзеров в файле users.json
если ты подключишь его через const users = require("users.json") у тебя в переменной будет js объект
в твоем случае массив пользователей, потом ты делаешь users.push(user)
далее через fs writeFile записываешь json (не забудь объект сериализовать через JSON.stringify(users)