1. Отключите все прокси, оставьте прямое соединение, и попробуйте скачать pac-файл браузером (или лучше wget или curl) . Если не скачивается, смотрите в чем ошибка (не резолвится имя, неправильный урл, нет доступа, или еще что-то).
2. Если pac-фал скачивается нормально, но его прописывание ни в системе ни в браузере не помогает, можно заглянуть внутрь, найти адрес прокси-сервера, и прописать его в настройках для проверки доступа.
3. Содержимое resolv.conf определяет Network Manager (через
resolvconf), смотрите в настройках параметры сетевых подключений, видимо там где-то прописан чужой dns-сервер. В принципе, он может влиять на неправильную обработку урла для pac-файла и доступ к прокси.