Откровения приходят с опытом. Для начала сделайте как можете. Со временем вы начнете понимать, как можно сделать лучше.
Почему вы решили, что один файл js будет выдавать ошибки? Вы можете инициализировать функционал только тогда, когда есть соответствующие элементы на странице.
Обычно ресурсы складывают в папку /src, /source, а результат билда складывают в /build, /public.