При установки системы, у вас будет возможность выбрать куда разместить /home. Либо на тот же раздел, либо на отдельный. И в первом случае, вы можете сохранить файлы в резервную копию, во втором случае, при следующей установки указать тот же раздел для домашней папки, здесь нужно быть внимательным и НЕ ставить галку "Форматировать раздел".
И еще один момент, на что нужно обратить внимание, в конце установки, у вас попросят ввести учетные данные: логин, имя устройства и пароль, а так же предложат зашифровать раздел. Если вы поставите эту галку и перед перестановкой не сохраните passphrase ( посмотреть ее можно командой: ecryptfs-unwrap-passphrase), восстановить данные с папки /home будет невозможно.