iamnothing

в результате отправки файла получаете его id, складываете эти айдишки в массив в JS (или скрытыми полями в форме, или еще как - как вам нравится), затем отправляете этот массив вместе с остальной формой при сабмите. А на сервере обновляете записи в БД, соответствующие файлам из полученного массива айдишек - проставляете id сообщения.

Вот как-то так.

function rebuild(array $array) {
    $count_children = [];
    $without_children = [];

    foreach ($array as $id => $element) {
        // инициализация подсчета дочерних элементов, если это еще не было сделано
        if (!isset($count_children[$id])) {
            $count_children[$id] = 0;
        }

        if ($count_children[$id] === 0) {
            $without_children[] = $id;
        }

        if ($element['pos'] === 0) {
            continue;
        }

        // инкремент кол-ва дочерних элементов для родительского эл-та
        if ( !isset($count_children[$element['pos']]) ) {
            $count_children[$element['pos']] = 0;
        }
        $count_children[$element['pos']]++;

        // удаление родительского эл-та из списка "бездочерних" элементов
        if (($key = array_search($element['pos'], $without_children)) !== false) {
            unset($without_children[$key]);
        }
    }

    while(!empty($without_children)) {
        foreach ($without_children as $key => $id) {
            $parent_id = $array[$id]['pos'];

            if ($parent_id !== 0) {
                if (!isset($array[ $parent_id ]['playlist'])) {
                    $array[ $parent_id ]['playlist'] = [];
                }
                $array[$parent_id]['playlist'][] = $array[$id];

                unset($array[$id]);

                $count_children[$parent_id]--;
                if ($count_children[$parent_id] <= 0 && $parent_id !== 0) {
                    $without_children[] = $parent_id;
                }
            }
            unset($without_children[$key]);
        }
    }

    return $array;
}

На тему шаблонов можно почитать Мартина Фаулера "Шаблоны реализации корпоративных приложений" - там он описывает особенности шаблонов.
Также Мэтт Зандстра "PHP: объекты, шаблоны и методики программирования" там у него, помимо всего прочего, описано эволюционное развитие небольшого проекта, и также описывает особенности/недостатки шаблонов
Ну и классику GangOfFour - Эрих Гамма и другие.

Если же вас унесёт в сторону DDD, то тут пока не так много книг:
Эрик Эванс - классика DDD
Вон Вернон "Implementing Domain-Driven Design"
и другие

из JS с помощью AJAX шлёте массив в виде JSON на сервер, где его ловите и делаете ему json_decode():
$php_array = json_decode($json_array, true);
в результате в $php_array у вас будет нужный вам массив

Если я вас правильно понял:

function arrayToNestedKeys(array $keys, array $insertInto, $value) {
    $tmp = &$insertInto;
    foreach ($keys as $key) {
        if (!isset($tmp[$key]) || !is_array($tmp[$key])) {
            $tmp[$key] = [];
        }
        $tmp[$key] = [];
        $tmp = &$tmp[$key];
    }
    $tmp = $value;

    return $insertInto;
}

// arrayToNestedKeys([78,2,3], [123], 6) выдаст
//   [0 => 123, 78 => [2 => [3 => 6]]]

Upd: Подкорректировал решение - добавил проверку на существование массива во время прокладывания "пути" в массиве. Спасибо @happyproff