для вызова шапки используй функцию
get_header();
Саму страницу checkout нужно менять через css в твоей теме(задав стили для каждого элемента). А что касается шаблона для этой страницы(где генерируется html код), то он находится в wp-content/plugins/woocommerce/templates/checkout
там много файлов. Ищи нужное в них:))
