Можно добавить в /etc/crontab (возможно также с помощью команды crontab -e) строчку:
@reboot root /etc/init.d/myscript
использовать "root", как и путь к скрипту, на ваше усмотрение.
Если ко времени запуска крона что-то еще не успевает подгрузиться, можно поступить так:
@reboot root sleep 60 && /etc/init.d/myscript