Привет.
А подскажи как ты ставишь библиотеки? И куда именно?
Может быть ты делаешь виртуальный контейнер venv, то тогда библиотеки ставятся только в этот проект контейнера и они изолированны от других.
Так работает Pycharm например.
Случайно не вот так у Вас выглядит терминал?