Видно же что проблема ни в убунте и ни в нпме, а в том что архив либо бьется по пути от гитхаба на твой хост, либо уже лежит битый на гитхабе, в результате контрольные суммы не совпадают
Pho_en_ix, настройки mysql это больше к производительности, скорости запросов и т.д. Если база падает потому что не хватает ресурсов сервера оптимизации тут мало помогут, хотя кто знает что там внутри у тебя