Почему при изменении копии массива изменяется и исходный массив?

a = [3, 5] // Array [ 3, 5 ]
b = a.slice() // Array [ 3, 5 ]
a === b // false

Копируете правильно. Проблема в элементах массива

Можно ли верстать сайты без gulp?

Пока не понимаете - не используйте. Когда дойдете до понимания, что гемора без тескеров и сборщиков больше, чем с ними, тогда и используйте

Почему при верстке содержимое не занимает весь ряд?

Потому что .container, а не .container-fluid

Ресурс для восполнения знаний?

Школьные учебники же

Как правильно запускать анимацию у элементов когда они появляются во вьюпорте?

Следить за скроллом и запускать

С какой связкой лучше верстать?

На вкус и цвет все фломастеры разные

Стоить ли сейчас учить верстку на boostrap?

А что там учить-то? Доки вечер почитайте вот и дело в шляпе. За одно поймете, в каких случаях его удобно использовать, а в каких нет. Бутстрап - это не панацея от всех болезней.

Каким наилучшим образом сверстать такую страницу?

P.S. Для шабки с логотипом и телефоном я выбрал header

Вот уже почти всю работу вы и сделали.
А если серьезно, то откройте список тегов и прочтите в каких случаях их рекомендуется использовать
Тут, например, webref

Как лучше рендерить клеточный автомат?

Не нужно перерисовывать. Нарисуйте 1 раз при загрузке, а дальше манипулируйте содержимым и стилями

Редирект в JS через get?

Хм... видимо, вам нужно ловить переход по ссылке и модифицировать её.
Может для ваших целей куки больше подойдут?

Валидация данных?

На фронте вы делаете валидацию больше для удобства пользователя и чтобы не гонять лишний раз трафик на сервер при заведомо неверных данных (формат не тот, поля пустые и пр.). Но ей можно пожертвовать.
На сервере валидация обязательна.

Как в таблице выделить столбец или группу столбцов при наведении?

Спасибо. Решение интересное, но под мою задачу не подходит, т.к. у меня область выделение не ограниченна прямоугольником

Как в таблице выделить столбец или группу столбцов при наведении?

Вы вручную сделали 2 обработчика и вручную вбили ячейки, которые нужно выделить. Не кажется ли вам, что это решение никуда не годится?

Как заполнить весь экран кружками?

Ratibor, Пока ошибок, кроме нестрого неравенства я не заметил. Попробуйте найти те условия, когда ошибки появляются и чуть подробнее описать.

Можно ли сделать два слайдера на один ползунок jquery ui?

А в чем проблема? Хоть тыщу. В обработчик их запишите только

Как заполнить весь экран кружками?

Ratibor, А что должно получится? Сейчас у вас экран заполнен кружками. Один лишний правда.
Такое чувство будто вы решили написать Го

Не срабатывает toggleClass?

ZhoraSamodelov,
Зачем все эти сложности.
1. Откройте https://jsfiddle.net/
2. Вставьте код в нужные поля, нажмите save или update
3. Скопируйте ссылку
Что уж может быть проще

Как сделать на чистом css такую кнопку?

Смотрите: у вас линия сначала впуклая (да простят меня математики), потом выпуклая. Впуклые области на css делать неоправданно сложно и не всегда возможно. Используйте SVG

Как убрать первый пробел в инпуте, когда условие сработало?

Если после этого пробелы удалять не нужно ( т.е. событие срабатывает один раз), то в конец обработчика hendler добавьте

inp.removeEventListener('keydown', hendler);

Как сделать что бы Footer всегда был в внизу, но не фиксированным?

Антон Спирин, разумеется