У тебя есть некий class App который стартует при запросе, и в нем лежит Router, который обрабатывает запрос, разбирает /siski либо index.php?url=siski и решает какой контролер вызывать: SiskiContoller.php либо SiskiAjaxController.php когда запрос приходит в контролер, тот забирает данные из модели Siski, SiskiContoller данные ренредрит в файл siski который лежит во вьюхах, SiskiAjaxController делает json_encode для данных и отображает.