Grigruss

Чистить базу, на мой взгляд, стоит всегда. Я никогда не видел MySQL такого размера (может потому что с битриксом не работаю), но по базам 1С:Бухгалтерия знаю, что эти ребята пишут так, что базу всегда нужно держать в чистоте. Скорость должна увеличится.

Удалить BOM

... where roles_routes.access  in (select access from roles_routes where role_id=1)

Судя по этому куску получаются грабли... Я обычно сначала делаю запрос, чтобы получить access, а потом уже, имея точное и четкое значение, задаю запрос на список. То есть что-то вроде этого:

SELECT `access`,`другое_нужное_поле` FROM `roles_routes` WHERE `role_id`=1

и потом

SELECT * FROM `roles` LEFT JOIN `roles_routes` ON `roles.id` = `roles_routes`.`role_id` WHERE `roles_routes`.`access`=`результат_первого_запроса`.`access` OR (`roles_routes`.`access`>`результат_первого_запроса`.`access` AND `roles_routes`.`нужное_поле`=`результат_первого_запроса`.`другое_нужное_поле`)

но я все это делаю в PHP, поэтому и значения могу из первого запроса подставлять как угодно...

Отталкиваться от закономерностей в полях прайсов. Допустим поле цены обычно содерит только цифры, а поле с наименованием либо в первом, либо во втором столбце (первый часто делают для нумерации позиций). Бывает столбец с типом валюты. Бывает скидочный столбец... И учитывая определенные особенности можно задавать условия для загрузки в БД. Например, если первый столбец имеет числовое значение -> идём ко второму столбцу -> если здесь текст: определяем как имя товара -> следующий столбец: если имеется "%" значит скидка -> следующий: если "руб" или "usd" значит тип валюты -> следующий: если число значит цена.
P.S.: а можно вообще сделать подгрузку правил из внешнего файла, к примеру в формате INI или XML. А в нём указывать, какое по счёту поле в куда загружать. И в обычном блокноте за пару минут создавать правила для прайса нового контрагента.

В этом нет смысла... Хотите быстро создать кучу полей, пользуйтесь запросами, а не визартом.