Ну раз просил для нубов - Notepad++
1. Создаешь пустой js
2. В нужной последовательности вставляешь код из своей кучи файлов, сразу бери минифицированные версии.
3. Подключаешь этот файл вместо кучи других.
3. ВСЁ.
Картинки у тебя пропали, потому что css криво объединяешь. Пути банально пробеги и скорректируй.
Работы на 10 минут.
Другой вопрос - разные скрипты на разных страницах - но это следующая глава твоего трудного пути супер-кодера.
И озвучить движок зря не стал, конспирация конспирацией, но в том же битрикс такое прокатит частично, там для каждого компонента может быть свой мини-файлик js. И он нужен будет только на определенной странице/разделе. В битрикс кароч штатный механизм работает на ура - он тебе и сожмет все в два файла и код минифицирует.