В итоге все оказалось элементарно - в tagged порты каждого vlan кроме первого необходимо добавлять bridge.
Пример из моей конфигурации:add bridge=bridge1 tagged=ether2,ether3,ether4,ether5,ether6,ether7,ether8,bridge1 untagged=ether9 vlan-ids=101
add bridge=bridge1 tagged=ether2,ether3,ether4,ether5,ether6,ether7,ether8,bridge1 vlan-ids=102
Почему так, и где это в документации Mikrotik, я не нашел. Но это не значит, что этого там нет, и я буду очень благодарен, если кто укажет, почему это так и где задокументировано.