Единственный эффективный инструмент систематизации знаний — ваша цель.
Когда вы понимаете и помните ЗАЧЕМ вы что-то учите, вам не нужно думать о сохранении знаний. Достаточно их просто применять для ваших задач.
Мозг при этом сам организует знания оптимальным образом. И подскажет нужные инструменты (блокноты, майндмэпы или хрен знает что).
Не нужно думать об этом, как об отдельной задаче, не эффективно.