MindMap похоже на то что надо, но в управлении тяжеловат. Проще бы раскрывающие списки сделали, чем делать эти линии, плюс нельзя узлы перекидывать (т.е. нельзя реструктуризировать граф).
sim3x, дерево тот же граф. Списки ну вообще никак не отражают иерархию. Есть работа и дом, в работе проекты, далее, например, проект, у которого два подпроекта, у них задачи, задачи складываются из подзадачь. Я не рассматриваю Trello как альтернативу менеджера проекто типа Mantis, где кстати в неявной форме реализованы связи в виде графов, но для личных задач меня бы такая группировка вполне устроила. Нередко пишешь список задач в текстовом файле где иерархию обозначаешь отступами, но такой подход слишком громоздкий, карточки позволяют скрыть лишную информацию и расширить возможности: вложения, пояснения, дополнения, ссылки и т.д.
Еще бы я добавил календарь который бы выводил только те даты, которые относятся к потомкам текущего выбранного узла.
Еще можно было бы сделать ссылки на узлы, создаешь, например, узел "Работа на завтра", а в него накидываешь ссылки на другие узлы.
В общем узел/карточка было бы в этой модели основным универсальным понятием.