Сергей Дубовик: начните с малого - научитесь лить в FPGA обычный файл и сливать результат в другой файл. Сократите работы, которые не относятся непосредственно к шифрованию на FPGA до минимума.
Поищите информацию о том, поддерживают ли GPIO что-то вроде DMA, какая у них скорость, тактовая частота и так далее.
Платон Платонович: Во блин... ну дальше остается такие варианты
-все перезагрузить
-воткнуть в другой порт
-воткнуть прямо в этот порт свой ноут другим патч-кордом
-добираться до админки свича.
-поглядеть wireshark ом, что там ходит.