galaxy

Ну и ключевой момент: для удаления файла нужно иметь права на запись в его родительскую директорию

drwxr-xr-x 2 apache     apache       41 Feb 26 13:26 .

Пинг работает? Если да, фаервол в контейнере и на хост-машине проверяйте

Что-то не то с настройкой session.gc_maxlifetime, похоже.

Сделайте для каждого конфига PHP:

php -c /etc/php/VERSION/CONFD/php.ini -d "error_reporting='~E_ALL'" -r 'var_dump(ini_get_all("session"));'

где VERSION - версия, CONFD - директории с конфигами в /etc/php/VERSION (т.е. cli, fpm, apache2...).
И проверьте, что в session.gc_maxlifetime

Думаю, /run/nginx.pid - это симлинк. Меняйте (или удаляйте) файл, куда он указывает

Но почему-то как user_name я могу переименовать каталог

для переименования каталога нужны права на запись в родительский каталог.

а как root не могу создать в нем новый файл

а вот это странно. Потестировал у себя, root все может

В убунте (наверно, и в debian) пишется в /var/log/auth.log:

Nov 25 01:12:08 host.domain sudo:   galaxy : TTY=pts/1 ; PWD=/home/user ; USER=root ; COMMAND=/bin/bash

В других системах могут писать в другие файлы (/var/log/secure.log и пр.) или в syslog.

Тут написано, как логировать ввод и вывод команд, что позволяет смотреть даже, что делалось после sudo su -

Отдельные параметры из php.ini еще могут задаваться в конфиге FPM pool (в убунте в папке /etc/php/7.4/fpm плюс в ней же директория conf.d/), в конфигах апача и .htaccess (для вас неактуально), и в самом вордпрессе (wp-config.php - в виде ini_set). Поищите grep'ом.

Ещё варианты?

https://help.ubuntu.com/community/CheckInstall