например в том, как был выключен ПК. в моей практике если пропадало питание на блоке питания (выдёргивали кабель, пропадало электричество), то ПК нельзя было разбудить через WOL.
у ноутбука падает сопротивление среде при свободном падении, при достижении земной поверхности у него скорость при прочих равных будет больше, чем при открытой крышке.
если вы купили материнскую плату, для которой не была заявлена возможность подзарядки на usb-разъёмах при выключенном ПК, то, смею предположить, ничего с этим поделать вы не сможете, не поменяв материнку.
несколько лет назад многие материнки асуса отличались наличием джамперов, отвечающих за выбор линии подачи сторожевого напряжения. это может связано с вашей проблемой. попробуйте ознакомиться в мануале с описанием функции джамперов выбора 5V и 5VSB.