/var/lib/snapd/snaps/pycharm-professional_55.snap on /snap/pycharm-professional/55 type squashfs (ro,nodev,relatime)
/var/lib/snapd/snaps/pycharm-professional_62.snap on /snap/pycharm-professional/62 type squashfs (ro,nodev,relatime)
/var/lib/snapd/snaps/pycharm-professional_64.snap on /snap/pycharm-professional/64 type squashfs (ro,nodev,relatime)
ls -l /snap/pycharm-professional
я же вам уже сказал, что этот каталог примонтирован только для чтения. конкретнее - примонтирован из образа /var/lib/snapd/snaps/pycharm-professional_64.snap с файловой системой squashfs.
вы туда ничего не запишите, потому что, афаик, squashfs всегда монтируется только для чтения.
из образа можно скопировать всю структуру каталогов с файлами в какой-либо другой каталог, поправить, то что вам надо, и собрать всё назад с помощью mksquashfs.