Есть цепочка зависимостей A -> B -> C
Вы удалили элемент B, вместе с ним вы удалили C, т.к. он не может работать без своей зависимости.
Затем вы удалили неиспользуемые элементы (от которых никто не зависит), в нашем случае это A.
Решили починить всё, и вернули обратно B. За ним подтянулся элемент A. Но C не поставился, т.к. он не нужен для работы B.
Итого: скорее всего вы снесли части графического окружения и драйверы. Попробуйте поставить xubuntu-desktop и драйвер для вашей видеокарты (если используете пропиретарный).
Если вы не можете консоль запустить из-за поломанной оболочки, ну загрузитесь с LiveCD, и от туда почините. Второй год пользуетесь, и такие вопросы задаёте.
Об этом нужно позаботиться заранее. Существует 3 простых варианта:
1) Использование снепшотов lvm.
2) Использование снепшотов btrfs.
3) Не самый удобный, но самый простой - clonezilla.
Если вы систему уже загадили, то делать переустановку. Затем делать снепшот. После экспериментов можно откатиться до сохраненного состояния. По мере загаживания можно сколько угодно делать "точки восстановления", что бы откатиться к нужному состоянию. А потом и обратно вернуться можно.
Если у вас Nvidia то так В списке "Configuration" выбрать "Disable".
Если вам с видеокартой повезло меньше, то курить документацию по xorg.conf. Сгенерировать конфиг по умолчанию, а дальше смотреть конкретные секции.
Убрать из секции "Screen" нужный монитор.
Если вы на машине-приёмнике потеряли файл, то да, он будет в "home/user/Yandex.Disk"
Вот только юзер у вас - root. (root@XXX.XX.XX)
А для root домашней директорией обычно является "/root"
Как-то правил багу в Venom (GUI для Tox на Vala). В итоге проект заглох, т.к. официальной гуёвиной был выбран другой проект. До этого на Vala только Hello World и писал. Так что ищите интересные Vala-проекты, берите задачу по силам и дерзайте.
А установить нужно только лишь vala (и gcc, если в зависимостях не подтянется).
Ubuntu Software Center нашел только версию IDEA 13,
Вы серьёзно? Подобный софт не устанавливают через пакетные менеджеры, т.к. он сам себя обновляет, а для этого ему потребуются рут-права, и при обновлении файлов нарушится целостность установленного пакета. Так что только архив с сайта, распакованный куда-нибудь в домашнюю директорию.
В списке "Configuration" выбрать "Disable".