EditorWindow - это редактор и работает оно только в нём, после билдинга проекта доступа к сборке UnityEditor нет. И служит она для обслуживания компонентов MonoBehavour, а не наоборот. Если вы хотите как-то на него влиять, то в компоненте создаёте какие-то поля, а уже в окне редактора проверяете их и меняете свою логику.