fpir

Запускать 2 копии иксов. Как- сходу не отвечу, надо копать. Вперёд, если трудностей не боитесь. Но подозреваю, вы эту проблему не решите. Если окажусь не прав - напишите статью на хабре.
Иначе - если приложение может демонстрировать произвольную часть экрана, но я о таком не слышал. Если вы расширили рабочий стол на два монитрора, то для, скажем так, операционной системы, это одно пространство, и резать его нужно в произвольном месте.

Так этим вы обезопасили себя от подмены днс ответов. ещё не факт, что провайдер перехватывал эти запросы.
Ну ок, вот вы отрезволтели рутрекер в правильны ip, и пошли на него, провайдер ловит вас на своём прокси и заворачивает на заглушку.

Вообще не вижу сложности.
Как всё грузится: загружается биос, передаёт управление первому загрузочному диску, на нём ищется MBR или UTFI, MRB передаёт управление загрузчику, тот передаёт управление загрузчику ОС. После MBR(UEFI) уже нет разницы, на каком устройстве расположены загрузчик и загрузчик OC. Т.к. виновый загрузчик не признаёт других ОС, загрузчиком будет груб. Соответственно где-то распологаем груб и с тотже диск делаем загрузочным в биосе. Если расположите на hdd, то ssd можно будет юзать отдельно от всей сборки, тупо переазначив загрузочный диск.
Как размечать- великий вопрос. Canonical думает, что всё на одном разделе, кто-то выносит на отдельный раздел /home, а кто-то и /var/log.
Непонимание вопроса, как всё грузится и приводит к тому, что грузится только виндовс или только линукс. Ещё раз BIOS-MBR(uefi)-GRUB-OS. Каждый последующий задаётся в предыдушем. Убунта поставит груб и перепишет MBR. GRUB найдёт оси на всех дисках. Надо только установить загрузку с того диска, на котором MBR переписана под груб. Ну и не выбрать первый пункт в автоматической установке убунты, где очистить все диски.

Потыкайте палочкой PulsеAudio, если не установлен-установите и потыкайте. В гугле 100500 историй про это, поищите.

Paragon

Ключевой момент: в 12.04 был apache2.2, а в 14.04 -apache2.4. Конфиги НЕ совместимы, т.к. заменены модули.
На вопрос вынесенный в заголовок ответ roswell точный, конфиги apacha там. Но пришлось ещё править конфиги
PHP и устанавливать драйвера asterisk ODBC для доступа к базе. В общем не рекомендую так делать. Думаю проще было-бы слить конфиги FreePBX (или asterisk, если он нативный) и поставить заново готовы образ FreePBX Distro.
По идее, если конфиги не подойдут полностью, разрулить должно быть проще. Собираюсь попробовать для обновления до 16.04