Можно хранить в куках, можно хранить в сессиях. В куках хранить ТОЛЬКО уникальный токен, который при краже перестанет работать. В сессии можно хранить что угодно, но стандартный механизм ставит время жизни сессии равным SESSION.
Самое главное, идентификатор сессии находится в куках (PHPSESSID), многие про это забывают. И если вы увеличите время жизни сессии, то сессия == куки.