Напишу сам ответ. Все-таки для определенного круга задач лучше использовать с++. Работа с NDK далась оооочень непросто, особенно в тандеме с нетбинсом. Но в итоге время счета на эмуляторе не на много превышает время счета в обычном десктопном приложении.
Написал небольшое консольное приложение, которое разбирает входящий BMP с цетовыми «источниками» и делает новый BMP с разных видов градиентными заливками.
