Координаты (как и любые данные) скрещиваются стандартным для ГА способом. Представляете координаты в виде бинарной строки фиксированной длины. Результат скрещивания координат 2х коробок будет начало строки от одной коробки, а после случайной длины продолжение строки от другой коробки. Все.