Забыл сюда написать. Проблему решил. Нужно было прописать, как я изначально сделал. В настройках NS доменного регистратора прописать NS записи, прописанные в DNS сервере. То есть суть такая - доменный регистратор распространяет информацию о домене и его NS записях, эти NS записи прописаны у DNS сервера, и там же прописаны A записи с мапингом домена и ip с вашим приложением.
Почему не получилось изначально? Я в начале сделал все верно, но не дождался, когда регистратор обновит эти данные видимо. Хотя whois уже показывал нужные NS записи, сайт по прежнему не был доступен, хотя я даже локально чистил кэш DNS. Видимо там еще где-то информация должна обновиться, по поводу этих NS записей. Потом, не дождавшись нужного момента, я попробовал другое решение и прописал в NS доменного регистратора IP адрес DNS сервера, как тут советовали, и мне показалось, что все заработало, но это как раз к тому моменту только начали работать первые настройки. Поэтому на следующей день все опять перестало работать, так как через день вступили в силу настройки уже где в NS доменного регистратора прописан ip адрес DNS сервера, что не верно.
В общем нужно прописывать в NS доменного регистратора NS вашего DNS и ждать.