Разницы не будет, так как ваш L3 трафик будет использовать CEF для маршрутизации, в таблицу которого входят также и SVI интерфейсы.
Для решения вашей задачи поднимите столько SVI сколько вам необходимо для терминирования LAN сегмента, порты L3 используйте для uplink, как и хотели.
STP не бонус, а головная боль. Избыточность делать лучше L3 линками, так как чаще всего точкой отказа является устройство, а не физ.соединение между устройствами