Можно

Вернуться к изучению основ, разобраться как работают изменяемые объекты, что такое передача по ссылке и по значению, формулировать какую вообще задачу вы решаете подобным кодом.

Сейчас вы ссылаетесь на один и тот же объект 3 раза, вместо создания нового объекта.
Исправляется созданием плоской копии списка.

lst = []
l = []
for i in range(3):
    l.append(i)
    lst.append(l[:])
print(lst)

Открываете любую книгу по питону для начинающих и читаете, что переменная это просто ссылка.
Все ваши 100 позиций будут указывать на один и тот же объект в памяти.