fenrir

скрипт нужно запускать на пк, где нет пайтона и пр.

А зачем тогда в шапку выносите вопрос "Как создать образ докер для чтения input?"
Вместо проблемы доставки питона переходите к более сложной проблеме доставки докера, для которого нужен включенный WSL.

Правильный способ решения задачи, написать на языке, который позволяет скомпилировать бинарь.

Быстрый способ использовать костыли в виде py2exe или других утилит для создания исполняемых файлов.

Задача: запустить много ботов в одном докере.

Где докер файл, которым ты решаешь эту задачу? Что значит в одном докере? В одном контейнере? Зачем?

После экспериментов с многопоточностью и различными вариантами кода, то понял что сам докер блокирует все потоки

Какое отношение к вопросу имеет многопоточность?

Наиболее предсказуемый вариант разворачивать ботов независимо друг от друга. Если им нужно какое-то общение между собой это реализуется другими средствами: общей БД, реплицированным кэшем, брокерами сообщений и прочими, но никак не запуском в одном процессе.

Как вызвать Secret в Dockerfile?

Secrets или multi-stage.

Вообще не очень понятно зачем вам такой странный образ. Сделайте сборку проекта в контейнер там же где разрабатывали без всяких git clone и сомнительных секретов.

При сборке каждая команда создает новый слой, который включает в себя только те изменения, которые были выполнены этой командой.
Слои кэшируются и при изменении слоя пересоздаются только нижележащие слои, следовательно в таком формате больше вероятность переиспользования этих слоев в других образах, быстрее сборка.

И это есть в документации: https://docs.docker.com/build/guide/layers/

Если ты собрал и у тебя работает на локальной машине - не факт что заведётся на тесте/стейдже/проде.
Если ты собрал и у тебя работает в контейнере - оно вероятно будет работать везде и с одной команды.