Во первых. У вас ошибка. Свойства объектов указываются в виде ключ: значение, а у вас использовано вместо двоеточия, равно.
Во вторых. В prototype обычно добавляют методы класса в первом же уровне вложенности. Вы же, в prototype пытаетесь добавить объект методов. Так делать не стоит.
Вот так примерно необходимо сделать:
var Super = function() {
this.version = "0.2016...";
}
Super.prototype.method1 = function() {
console.log(this.version);
this.method2();
}
Super.prototype.method2 = function() {
console.log("done!");
}
var instance = new Super();
instance.method1();