Дело в том, что вы в каждой из 100 000 итераций объявляете эту функцию. Если вы присвоите анонимную функцию переменной за пределами цикла (да, при этом функция по-прежнему будет считаться анонимной), то скорость сравняется.

$cmp = function ($a, $b) {
    if ($a == $b) {
        return 0;
    }
    return ($a < $b) ? -1 : 1;
};

for ($i = 0; $i < $count; $i++) {
    usort($arr, $cmp);
}

Time: 0.074096918106079
Time: 0.074237108230591

Итак, проблема оказалась на стороне jNativeHook.
Баг исправлен в версии 2.1 (на данный момент релиза ещё не было, см. ночные сборки).

Выражаю огромную благодарность юзернейму exenza - без него ничего не получилось бы. Спасибо :) И оперативно отреагировавшему автору jNativeHook, разумеется!