Можно, дело не в этом. А удобно ли будет? Например, фреймворк предоставляет свою файловую структуру, а у БЭМ-а своя структура, а где будет гармония?
И еще, для чистой верстки БЭМ это пускай будет отличная вещь, но что, если в программировании внутри кода будут скрипты, циклы? Не будет ли это загрязнением БЭМ-стройки?