Изучать Java с нуля можно по книжке Кей Хорстманн, Гари Корнелл Java 2. Библиотека профессионала (Core Java), она в двух томах, все расписано подробно, мне очень понравилось. Литературу именно по Java EE посоветовать не знаю чего, но вот если освоились с самой Java, то посоветую почитать статьи про Java EE на сайте
ibm.com, там их достаточно много (включая на русском языке) и все они хорошо расписаны, причем не на примерах типа Hello World.