Потому что файлы в папке modification - это измененные файлы vqmod/ocmod.
Opencart вначале смотрит: если для вызываемого файла измененный файл. Если есть - загружает его, а если нет - загружает стандартный файл.
Пути решения 2:
1. Создавать свои модификаторы, и загружать их через админку. Вариант правильный, но долгий.
2. Вносить правки в стандартные файлы.
При обновлении модификаторов все файлы из папки modification удаляются. И вместо них создаются новые. Новый файл - это стандартный файл с применением модификациями.