find /path/to/webroot/ -name ".htaccess" -type f
найдите все)VBoxManage extpack install /путь/до/пакета_обновлений.vbox-extpack
# nano /etc/default/virtualbox
VBOXWEB_USER=vbox #пользователь под которым работает virtualbox
VBOXWEB_HOST=xxx.xxx.xxx.xxx #ip
VBOXWEB_PORT=18083 #порт для веб-сервиса
но после imunify уже юзал, он тьфу-тьфу пока не подводил для поиска.
вот лечить через него уже не рекомендую, но отыскать подозрительные файлы он может.
вообще задача намного быстрее решается при наличии гита, правда у нас как правило само ядро в гитигноре, но непосредственно в него никто не ползет, по этому уже diff-ом сравнивая с чистым дело быстро решается или поиском по mtime