Get-Mailbox -ResultSize unlimited | Set-Mailbox -ProhibitSendReceiveQuota unlimited -UseDatabaseQuotaDefaults $false
Чтобы пользовательские параметры для почтового ящика использовались, а не по умолчанию баз данных почтовых ящиков, необходимо задать параметру UseDatabaseQuotaDefaults $false значение
Опять же, не знаю как у вас это реализовано, я в свое время с этим повозился, и для меня, оптимальным вариантом было каждый раз пересоздавать подпись. Т.е. с полной очисткой C:\Users\username\AppData\Roaming\Microsoft\Signatures. Попробуйте так.