Alexander Drek

Если обновляли Cordova скорее всего поставилось версия > 4.0 посмотрите в сторону Cordova-whitelist plugin .

Похожая проблема и пару других может ждать вам ещё в связке ios9 / Mac OS X el capitano / Xcode 7 но на iOS этотрешается путём изменения plist файла. Если будет актуально пишите подскажу.

у твоей задачи есть 2 решения.

1. это startForeground(NOTIFICATION_ID, new Notification()); после этого, считай твой сервис будет почти не убиваем, (на самом деле система может его прибить)
но, появиться нотификация, в статус баре , что такое то приложение работает, это не плохо, а даже удобно.
здесь подробнее
stackoverflow.com/questions/6645193/foreground-ser...
stackoverflow.com/questions/20636330/start-sticky-...

2. использовать в сервисе alarm manager, который будет через 10 секунд условно сам себя запускать.

Нужен как минимум один сервер с гитом. на гитхабе для проекта устанавливаешь вебхук который будет отправлять по указанному адресу Http запрос с информацией о комите в ветку. каждом комите каждой ветки проекта если быть точным. в скрипте приемнике отсеиваешь нужную ветку получаешь список измененных файлов и их льешь на другие по фтп например.