Проблема жж как раз и состоит в том что используются только деревья. Большая дискуссия это действительно сложная структура, и если пользователи не будут прикладывать какие то усилия, то эта сложность сама никуда не денется. Если большинство тем у вас будет по 20 сообщений, делайте линейным и не мучайтесь, если общение объемное то человек будет сам понимаю что нужно как то структурировать, это просто инструмент, хочешь общайся линейно, нужна структура, для это есть средства. Абзацами тоже никто не заставляет пользоваться, но с ними как то удобнее.
Да, решаю сами. Думаю при такой схеме большая часть дискуссии будет линейная, можно показывать первые несколько уровней ветвления, сколько позволит верстка для комфортного чтения, все что глубже в виде ссылок на отдельную страницу, как в жж, плюс линейные структуру легко скрывать раскрывать.
