Для глубоко изучения JS

Вряд ли есть что-то лучше серии книг Kyle Simpson - You don't know JS, где одной только теме про thisили замыканию уделена целая книга

Интересен супер подробный разбор event loop

Помимо книг выше, есть также отличное видео на YouTube после которого отпадут все вопросы как оно работает

Что можно считать лучшим источником

Собственно Standard ECMA-262

Как выявить то самое проблемное место в коде, где добавляется лишний класс к кнопке?

1. Брейкпоинтом браузера

Также можно отследить любые события и манипуляции с DOM
2. Поиск по коду проекта (искать по названию класса). В любой современной IDE это делается за пару секунд
3. Браузерным расширением фреймворка (если таковой используется). Которое покажет название компонента и его искать уже в исходниках проекта

Самое приближенное, что я смог найти
А тут подробная статья, если постараться, то сможете добиться нужного эффекта

Были классы, были HOC

Они и сейчас есть. Касательно HOC: в виду того, что мы не можем подключить компонент напрямую к стору, приходится делать доп.обертку mapStateToProps. Тем самым над компонентом нарастает еще один компонент который связан со складом. Потом еще одна обертка withStore, withRouter и тд. В дебаггере начинаешь уже видеть большую вложенность компонентов и по мере роста приложения это уже становится антипаттерном. Это все плохо работает с точки зрения минификации и производительности из-за больших деревьев вложенности.

компоненты разделены на Container/Component или Умный и Глупый

В чем проблема? Вы тоже самое можете организовать и с хуками

И если жить с хуками только React еще можно, но когда проект не демонстрационный, а реальный, то подключено еще кучу различных библиотек, у каждой второй есть хуки, в итоге все перемешано.

Как правило все сторонние подключаемые библиотеки уже содержат в себе хуки из коробки, а те что еще нет, будут поддерживать в следующих версиях. Тоже не вижу здесь проблем.

Далее философия Redux, "не диспатчить actions напрямую", все через actions creator и тп и тд, сейчас нам просто предоставляется dispatch из useDispatch()

Эта философия сохраняется и при использование хуков. Вы через useDispatch также диспатчите нужные экшены

Раньше можно было взять компонент, передать props и быть довольным.

Сейчас вы точно также любые пропсы спокойно можете спускать в компонент, только делается это уже намного проще без всяких доп.оберток.

В итоге, я не понимаю куда все идет, почему уходят с классов (удобных, понятных, структурированных) на функциональные компоненты с хуками?

Основные 2 причины: отказ от HOC и эмуляция методов жизненного цикла у функциональных компонентов.