схема обновления для меня это не просто команда из консоли,а это функционал позволяющий произвести проверку на выход новой версии модуля, скачивание и обновление модуля, откат на прежнее состояние если что то пошло не так и т.д и т.п . Если composer может реализовать все эти задачи то тогда вопросов нет.
Тоже интересовался данной темой, но как правило какие то сторонние решения не подходили из за отсутствия нужного функционала, либо от перегруженности не нужным. Тем не менее вопрос актуальный, поэтому больше склоняюсь в написании чего то своего ведь это проще всего для веб студии.
В данный момент используем trello.com для организации процесса разработки.