ИМХО
Организация автоматизации при разовом поднятии подобной инфраструктуры займет минимум в 2 раза больше времени, чем поднять все в ручную.
Мне кажется вы просто ни когда не поднимали эти типы вм и поэтому ищете темплейты.
Но это не правильно так как вам потом с этим добром работать и нужно знать все нюансы каждого сервиса, что бы потом спать спокойней.
Пример:
- два веб-сервера на linux + postgreS, максимум час на одну-потом делаешь клона.
- 1С сервер + SQL сервер 1-2 часа на винду делаешь клона и на нем накатываешь sql на оригинале 1с + 2-3 часа
- сервер файловой помойки на linux клон голой ОС от первой задачи + smb 1-3 часа, так как smb иногда на ровном месте проблемы создает.
Итого мы имеем 1 полный день или 2 дня с перекурами, серфингом ерунды.

На сколько знаю, правила созданные в ручном режиме не могу сами по себе удалятся.
Их кто то намерено гасит, скрипт или руки.
Проверте логи, проверте скрипты, шедулер, настройте оповещение по e-mail если кто то залогинелся, отключите не используемые сервисы, ограничите вход с определенных портов.
Я думаю что на 90% вас кто то ломает.
Короче идите в сторону повышения уровня безопастности!

1 victoria делай тест 100% лишним не будет. Потом пробуй вытащить полезную инфу.
2 если винт гуд и проблема просто в рав то ссылка свыше либо формат и все по новой, формат только после того как вытащил всю плезную инфу! Есть утилита с убитых винтов вытаскивали- главное что бы определился в биосе dmde называется вроде