Квадратные скобки позволяют обратиться к свойству, имя которого может быть результатом выражения. Например, имя свойства может храниться в переменной.
В твоем случае :
1) keys = "color"
2) keys = "width"
и т.д
Запись через точку не позволяет этого сделать,потому что так устроен синтаксис языка.

app.locals ?

Если под это условие, то так :

let str = "я там, где нужна моя помощь";
let arr = str.split(' ');
let index = arr.indexOf('моя');
let res = [arr.slice(0, index).join(' '), arr.slice(index).join(' ')]
console.log(res) // ["я там, где нужна", "моя помощь"]

Удобная обертка над readline - https://www.npmjs.com/package/console-read-write ,
позволяющая использовать async/await

const io = require('console-read-write'); 
io.write('Введите ИД категории');
let x = await io.read(); // тут ожидаемый ввод в консоль
console.log(x);

У тебя members это массив. Ты у массива вызываешь userrank и userid, поэтому undefined.
Чтобы первого получить :

const rank = clanTable.members[0].userRank;
const id = clanTable.members[0].userID;

Для вывода всех значение нужно по этому массиву пробегаться (foreach, for, ...)