потому что скрипты подключаемые в head в неправильном файле слезли в body,
Ничего никуда не слезло. Просто браузер не может распарсить нормально dom. А это из-за ошибок в сгенерированной разметке. Берете исходный код страницы и в w3c валидатор - он покажет, где косяк.
Интересная ситуация получается. Вы делаете сайт на заказ. У вас откровенный косяк в верстке. Его пофиксить сами не можете. Присылаете скриншоты с проблемой. И какой ответ вы жаждите услышать? Подтвердить, что верстка поехала? Подтверждаю.