потому что скрипты подключаемые в head в неправильном файле слезли в body,
Ничего никуда не слезло. Просто браузер не может распарсить нормально dom. А это из-за ошибок в сгенерированной разметке. Берете исходный код страницы и в w3c валидатор - он покажет, где косяк.
https://github.com/jkphl/svg-sprite#output-modes