как-то сложные варианты здесь насоветовали. CGI всё правильно, это в ту сторону. Как оно настраивается это придётся прочитать в доках к lighttpd, возможно уже работает.
Кидаете в директорию cgi файл test.cgi с chmod +x
#!/bin/bash
echo "Content-type: text/html" #или text/plain и любое другое
echo ""
echo "<h1>test</h1>"
и открываете в браузере
http://site/cgi/test.cgi, если вывелось то всё отлично.
С безопасностью тоже всё прекрасно, не вижу проблем чем shell скрипт отличается от любого другого php, rb, py и т.д.